חואן קרלוס אונטי נולד ב-1 ביולי 1909 במונטווידאו.
אביו נקרא קרלוס אונטי ואמו הונוריה בורחס (ממשפחת בורחס , על שם הסופר הארגנטינאי). היו לו אח גדול ואחות צעירה. בנעוריו עבד בעבודות שונות כדי לשרוד, רובן לא קשורות לספרות. הוא נישא לבן דודו, התגרש כעבור כמה שנים, ונישא לבן דוד נוסף (צעיר יותר).
אך כל זה לא מופיע בעבודתו, או במילים אחרות, כל זה מופיע בעבודתו אלא בצורה כה מורכבת ועובדת עד שאי אפשר להבדיל בין אירועים אמיתיים לחלומות.
הוא חי חיים אפורים בין מונטווידאו לבואנוס איירס אך ייסד עיר בשם סנטה מריה, שבזכותה התפרסם.
מנישואיו הראשונים נולד בנו חורחה אונטי בורחס . מנישואיו השלישיים, לאליזבת מריה פקלהארינג , נולדה בתו איזבל מריה (ליטי).
בשנת 1950 פרסם את "חיים קצרים" , יצירת מופת שאולי לעולם לא נבין במלואה את משמעותה.
אונטי הוא סופר אשר (כפי שקורה לעתים קרובות עם מוזיקאים הנערצים כמעט אך ורק על ידי מוזיקאים אחרים) זוכה להערכה רק על ידי מיעוט הקוראים. ניתן לומר על כך הרבה, אך מעבר להרהורים כאלה, הפופולריות המוגבלת של אונטי היא עובדה קיימת.
בשנת 1955 נישא אונטי לדורוטיאה מור , אשר הייתה לצידו עד הסוף.
מעבודתו בולטים: אל פוזו (1939), La vida breve (1950), Los adioses (1954), המספנה (1961), הגיהינום כל כך חשש וסיפורים אחרים (1962), Juntacadáveres (1964) , תן לרוח (1979).
בשנת 1975, עקב הדיקטטורה שהוקמה באורוגוואי , אונטי גלה למדריד , שם התגורר בשנותיו האחרונות, כמעט ולא עזב את מיטתו...
בשנת 1980 הוא קיבל את פרס סרוונטס , ומאז ואילך זכה להכרה בינלאומית מסוימת.
בשנת 1993 פרסם את הרומן האחרון שלו, " כשזה כבר לא משנה".
הוא נפטר ב- 30 במאי 1994. אנחנו רק יכולים לקוות שיישאר חומר שלא פורסם ...